Christoph Poppen hatte im Lauf der Jahre einige bedeutende Chefpositionen in Deutschland inne. Von 1995-2006 war er Künstlerischer Leiter des Münchner Kammerorchesters, dem er in kürzester Zeit ein neues Profil verlieh. Im August 2006 wurde Christoph Poppen zum Chefdirigenten des Rundfunk-Sinfonieorchesters Saarbrücken ernannt, von 2007 bis 2011 war er dann Chefdirigent der Deutschen Radio Philharmonie Saarbrücken Kaiserslautern. In der Saison 2021/22 wird Christoph Poppen seine sehr erfolgreiche Zusammenarbeit mit dem Kölner Kammerorchester als dessen Chefdirigent und mit der Hong Kong Sinfonietta als Principal Guest Conductor fortführen. Christoph Poppen arbeitet regelmäßig mit Orchestern wie u.a. dem Seoul Philharmonic Orchestra und Residentie Orkest, mit dem Netherlands Philharmonic Orchestra und Israel Chamber Orchestra, Deutsche Radiophilharmonie Saarbrücken Kaiserslautern und dem Athens State Orchestra. Zahlreiche Gastdirigate führten ihn zu Orchestern wie dem Deutschen Symphonie-Orchester Berlin, der Staatskapelle Dresden, zu den Bamberger Symphonikern, Orchestre Philharmonique de Radio France, Detroit und Indianapolis Symphony Orchestras, Wiener Symphoniker, Orquestra Sinfônica do Estado de São Paulo, New Japan Philharmonic Orchestra und Singapore Symphony Orchestra, Camerata Salzburg und zur Biennale in Venedig.

Poppen gilt als gefragter Operndirigent, zuletzt dirigierte er sehr erfolgreich Mozarts „Entführung aus dem Serail“ am Aalto Theater in Essen und leitete die Neuinszenierung von Glucks „Iphigénie in Aulis“ an der Staatsoper Stuttgart. 2016 betreute er eine Neuproduktion von Mozarts „Don Giovanni“ am Teatro Carlo Felice in Genua. An der Oper Frankfurt dirigierte er konzertante Aufführungen von Bizets „Perlenfischern“, was zu einer direkten Wiedereinladung für die „Zauberflöte“ führte. 2017 leitete er die konzertante Aufführung von Webers „Oberon“ an der Oper Köln.

Christoph Poppen war Professor für Violine und Kammermusik an der Hochschule für Musik in Detmold und in der Folge an der Hochschule für Musik Hanns Eisler Berlin, deren Rektor er zwischen 1996 und 2000 war. Von 2001 bis 2005 war Christoph Poppen künstlerischer Leiter des Internationalen Musikwettbewerbs der ARD. Seit 2003 ist er Professor für Violine und Kammermusik an der Hochschule für Musik und Theater München. 2019 gründete er die International Academy for Music, Arts and Science in Marvão/Portugal.