Emmanuel Pahud gibt regelmäßig Konzerte in führenden Konzertserien, Festivals und Orchestern weltweit und hat als Solist mit Dirigenten, wie Abbado, Antonini, Barenboim, Boulez, Fischer, Gergiev, Gardiner, Harding, Järvi, Maazel, Nezet-Séguin, Orozco-Estrada, Perlman, Pinnock, Rattle, Rostropovich und Zinman zusammengearbeitet.

Außerdem ist Emmanuel Pahud ein begeisterter Kammermusiker und gibt regelmäßig Rezitale mit Pianisten wie Eric Le Sage, Alessio Bax, Yefim Bronfman, Hélène Grimaud, Stephen Kovacevich, als auch Jazz mit Jacky Terrasson. Im Jahr 1993 gründete er das Summer Music Festival in Salon de Provence gemeinsam mit Eric Le Sage und Paul Meyer, das heute ein einzigartiges Kammermusikfestival ist. Mit Les Vents Français, einem Ensemble welches die großartigen Kollegen François Leleux, Paul Meyer, Gilbert Audin und Radovan Vlatkovic umfasst, konzertiert er regelmäßig.

Besonders am Herzen liegt ihm die Erweiterung des Flötenrepertoires und er gibt jedes Jahr neue Werke bei Komponisten wie Elliott Carter, Marc-André Dalbavie, Thierry Escaich, Toshio Hosokawa, Michaël Jarrell, Philippe Manoury, Matthias Pintscher, Christian Rivet, Eric Montalbetti und Luca Francesconi in Auftrag.

Seit 1996 hat Emmanuel exklusiv für EMI / Warner Classics 40 Alben aufgenommen und somit einen der bedeutendsten Beiträge für die digitale Flötenmusik geschaffen.

Emmanuel wurde mit dem „Chevalier dans l’Ordre des Arts et des Lettres” für seinen Beitrag zur Musik, sowie dem „HonRam” der Royal Acadamy of Music geehrt. Des weiteren ist er Botschafter für Unicef.